故事的主线从1998年7月开始，当时浣熊市发生了一系列神秘的凶杀案，浣熊市警察局派出了特别战术与救援队（S.T.A.R.S.）去调查，他们发现整个城市已经被T病毒感染，变成了丧尸和怪物的乐园，在经历了多次险境和战斗后，他们最终逃出了被核弹摧毁的浣熊市，并继续与安布雷拉公司对抗。
接下来的故事分为几条支线，分别围绕着不同的主角和事件展开，其中一条是克里斯·雷德菲尔德和吉尔·瓦伦丁这对搭档，在浣熊市事件后加入了一个反生化恐怖组织（B.S.A.A.），在全球各地追踪和打击安布雷拉公司或其他恐怖组织使用或贩卖生物武器的行为，他们遭遇了许多新的敌人和威胁，如西班牙邪教、非洲部落、三号暴君、Uroboros病毒等，他们也发现了斯宾塞的真正目的是想利用始祖病毒创造一个新人类，并杀死了他。
另一条是里昂·S·肯尼迪和克莱尔·雷德菲尔德这对搭档，在浣熊市事件后分别经历了不同的冒险，里昂成为了美国总统的特工，保护总统免受生化恐怖的袭击，同时也揭露了一些 *** 和安布雷拉公司的内幕，克莱尔则成为了一个人道主义组织（TerraSave）的成员，帮助生化危机的受害者和难民。
还有一条是阿尔伯特·威斯克这个反派，他是安布雷拉公司的最高级别间谍，为了获取更多的生物武器和病毒样本，不惜与任何人为敌，他利用了许多人和事，最终想要成为一个超越人类的存在。
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