在遥远的过去，一位名叫米兰达的女性因女儿Eva在西班牙大流感中离世而悲痛欲绝，她偶然发现了一种能够吸收逝者意识的神秘真菌，这成为了七代游戏中E菌的起源，米兰达开始了用这种真菌复活女儿的探索之旅。
斯宾塞，一个才华横溢的年轻学者，曾是米兰达的学生，他学到了许多知识，但逐渐发现米兰达的追求仅限于个人的复生之梦，而他自己渴望的是全人类的进步，由于理念不合，加上真菌感染速度无法满足他的期望（即使是后来的E菌，也需要数周时间才能完全感染一个人），斯宾塞选择了离经叛道。
他发现了更为符合自己理念的工具——始祖病毒，并转而与亚历山大和威廉等人共同创建了安布雷拉公司，尽管米兰达的教诲对斯宾塞产生了深远影响，但他以安布雷拉公司的标志——著名的伞形标志作为纪念，这个标志来源于真菌发现地下的洞穴中的刻画符号。
回到米兰达这边，她利用真菌和自行开发的寄生虫控制了周围的村民进行实验，试图找到复活Eva的容器，近一个世纪的时光流逝，她仍未取得突破性进展。
一个名为联盟Connnections的组织与米兰达取得了联系，米兰达提供了自己女儿的DNA和真菌样本，但联盟仅制造出了一个失败的复制品——伊芙琳（七代游戏剧情）。
尽管伊芙琳的实验失败了，但E菌感染的七代男女主角却带来了新的希望，他们的女儿Rose在筛选中展现出了米兰达多年寻找的完美宿主特质，米兰达潜入伊森家中捉走了她误认为是完美宿主的“米娅”，并伪装成米娅潜伏在伊森身边，以测试Rose的适配性，这一行动被蓝伞发现，克里斯闯入伊森家射杀了“米娅”（实为米兰达），但米兰达成功逃脱。
进入八代游戏，伊森勇敢地闯入了被米兰达控制的村庄，与各种敌人交战，包括四个家主（米兰达失败的试验品），在这个过程中，他帮助证实了Rose是完美的真菌宿主，伊森成功击败了米兰达，为生化危机的故事画上了句号。
整个系列游戏通过细腻的情感描绘、紧张的战斗场面以及错综复杂的人物关系，为玩家呈现了一个充满未知与危险的世界，每一部作品都为故事增添了新的篇章，让玩家沉浸其中，体验无尽的惊险与 *** 。