在2047年,纽约这座城市经历了巨大的变革，成为了包裹在Nanodome中的热带雨林，树木茂密，沼泽地和湍急河流交织，在这个世界中，发生了许多令人震撼的故事，这部作品不仅延续了前作的精彩，还引入了七个不同且变幻莫测的环境。《孤岛危机2》中的先知研发出了一种致命武器——复合弓箭、增强型的纳米服以及来自外太空的高科技，主角Prophet重返纽约，展开了一场激战。
最后结局的意思是在这个星球上,一个名为塞克的角色经历了生死考验，塞克在《孤岛危机3》中并未完全死亡，而是遭遇了一个神秘的外星虫洞，这个虫洞并非带来章鱼人主脑，而是外星科技的一部分，先知成功击败了主脑，但虫洞异变使得所有东西都被吸入空中，塞克最后试图救援主角，但不幸的是坠机了，因为塞克没有携带生化纳米服，如果吸入宇宙可能会窒息而死，主角本想去救他，但最终发现塞克的目的并非完全救主角，而是通过毁掉虫洞飞船，坠入地球。
塞克虽然以为主角已经死亡,但实际上他的行动导致了主角的重生，主角的肉体与纳米生化衣完美融合，彻底改变了他的身体形态，这也展示了生化衣的本质并非仅作为一套衣服，而是人体第二层皮肤，先知和生化衣的进化使得他们达到了一个新的高度，而这一切都隐藏在剧情的深处，等待着读者去探索和体验。 反映了孤岛危机3中角色的命运和故事的发展，展现了科幻世界的神秘与魅力。
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